Nederlands consortium ontrafelt eerste tulpen genoom

Een consortium van drie toonaangevende Nederlandse organisaties, BaseClear, Generade en Dümmen Orange, werkt sinds mei 2017 samen om de veredeling en productie van tulpen te versnellen en te verduurzamen

Nederland - De Lier/Leiden,  31 oktober 2017 – Een consortium van drie toonaangevende Nederlandse organisaties, BaseClear, Generade en Dümmen Orange, werkt sinds mei 2017 samen om de veredeling en productie van tulpen te versnellen en te verduurzamen. Vandaag zijn de eerste resultaten bekend gemaakt: met de nieuwste technologieën is het mogelijk om de DNA-volgorde (‘sequence’) van het tulpengenoom te bepalen. Het is hiermee één van de grootste genomen ooit gesequenced. Een wereldprimeur met een Leidse basis. Want op loopafstand van de Hortus Botanicus plantte Carolus Clusius eind 16e eeuw de eerste tulpenbollen die de basis vormden voor dit iconische Nederlandse product. De resultaten worden publiek toegankelijk gemaakt zodat de opgedane kennis ten volle kan worden benut.

Het tulpengenoom bevat grote stukken identiek DNA die extreem vaak voorkomen. Door die stukken intact te isoleren en met behulp van een DNA-sequentietechnologie over die stukken heen te lezen, zodat de uiteinden een unieke DNA-volgorde hebben, is het mogelijk om met krachtige bio-informatica tools het gehele genoom in kaart te brengen.

Dat heeft het consortium in de afgelopen maanden aangetoond met behulp van de sequentietechnologie van Oxford Nanopore Technologies en het door Generade en Future Genomics Technologies ontwikkelde algoritme TULIP (The Uncorrected Long-read Integration Process). Uniek hieraan is dat het genoom van de veel voorkomende cultuurtulp Tulipa gesneriana, het allergrootste genoom is dat ooit is gesequenced. De omvang wordt geschat op ongeveer 34 gigabasenparen, bijna 11 keer groter dan dat van de mens. De komende maanden wordt het DNA van het tulpenras Orange Sherpa nog herhaaldelijk gesequenced om een betere resolutie te krijgen en worden de miljarden DNA-puzzelstukjes met TULIP aan elkaar gekoppeld.

Met het tulpengenoom wordt duidelijk hoe het DNA de eigenschappen van een tulp bepaalt. DNA-patronen die gekoppeld zijn aan gewenste eigenschappen worden straks ingezet in de verdere veredeling om die eigenschappen in nieuwe, verbeterde rassen te combineren. Met deze kennis kunnen sneller en gerichter nieuwe tulpenrassen worden ontwikkeld die resistent zijn tegen veelvoorkomende ziekten. Hierdoor wordt ook het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen teruggedrongen.
Hans van den Heuvel, Directeur Research & Development Dümmen Orange: “Het genoom van de tulp doet dat van de mens verschrompelen: het gehele menselijk genoom past namelijk in één chromosoom van de tulp. Met de technologie van rond de eeuwwisseling zou deze klus meer dan 100 jaar duren, een onmogelijk opgave. Echter nu is het een kwestie van dagen geworden. De analyse van de data is in volle gang en zonder enige twijfel gaat dit informatie opleveren die de tulpenveredeling transformeert. Sneller, meer voorspellend maar vooral ‘groener’ omdat we inzetten op rassen die duurzaam geteeld kunnen worden.”

Helma Kaptein, Directeur Generade: “Dit genoom wordt beschikbaar gemaakt voor het publieke domein. Hiermee is een belangrijke eerste stap gezet in de innovatie van de tulpenindustrie, een sector die met maatschappelijke en economische uitdagingen wordt geconfronteerd, en laat Nederland, waar de tulp van grote cultuurhistorische en iconische waarde is, zien hoe vanuit publiek-private samenwerking een duurzame en innovatieve ontwikkeling kan worden gerealiseerd in een traditionele agrarische sector.”
BaseClear is het grootste onafhankelijke DNA analyse laboratorium van Nederland. Bas Reichert, CEO van BaseClear, legt zijn betrokkenheid bij dit project uit: “Dit project heeft de impact en toepasbaarheid van de nieuwste DNA-technologieën aangetoond voor de sierteeltbranche. Het bewijst dat deze technologie nu betaalbaar en bruikbaar is. De inzet van DNA-technologie zal de ontwikkelingen in de sierteelt verder versnellen en verduurzamen. Wij zijn trots dat wij op deze manier, samen met onze partners in dit project, kunnen bijdragen aan een groenere wereld.”

Bedrijfsprofielen

Generade
Generade is een Centre of Expertise Genomics in Leiden. Biotechnologiebedrijf BaseClear, Hogeschool Leiden, het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC), Naturalis Biodiversity Center en de Universiteit Leiden bundelen in Generade hun kracht voor optimaal toepassingsgericht onderwijs, onderzoek en ondernemerschap.

BaseClear
BaseClear is een onafhankelijk dienstverlenend laboratorium op het gebied van DNA onderzoek. Vanuit het laboratorium in het Leidse Bioscience Park werkt BaseClear met een enthousiast team van 65 man aan het ontwikkelen van DNA-technologie. Deze technologie wordt in contractonderzoek toegepast voor BaseClear-klanten over de hele wereld actief in verschillende sectoren uitlopend van de voedings- en farmaceutische industrie tot de plantenveredeling. Zowel innovatie als kwaliteit staan bij de dienstverlening van dit gespecialiseerde laboratorium bovenaan. Voor de innovatie werkt BaseClear samen met diverse kennispartners en de kwaliteit onderstrepen ze door te voldoen aan ISO en GMP kwaliteitsnormen.

Dümmen Orange
Dümmen Orange is een toonaangevend bedrijf in de veredeling en de ontwikkeling van snijbloemen, bolgewassen, tropische planten, potplanten, perkplanten en vaste planten. De omzet bedraagt ongeveer 260 miljoen euro. Het bedrijf telt wereldwijd meer dan 7.000 mensen. Naast een groot marketing en sales netwerk, heeft Dümmen Orange een sterk netwerk van productielocaties. De sleutel tot het succes van Dümmen Orange is een breed en diep assortiment ondersteund door een wereldwijde toeleveringsketen. Het bedrijf omarmt haar maatschappelijke verantwoordelijkheid en investeert in de gezondheid, de veiligheid en de persoonlijke ontwikkeling van haar medewerkers.

Meer informatie:
Helma Kaptein – Directeur Generade
kaptein@generade.nl / +31(0)639115048

Bas Reichert - CEO BaseClear
bas.reichert@baseclear.com / +31(0)71 5233917

Marco van der Sar – Manager Marketing en Corporate Communicatie Dümmen Orange
m.vandersar@dummenorange.com  / +31 (0)6 23 20 84 77